Als allgemeine Faustregel gilt: Lieber kleine Mengen regelmäßig ausbringen als einmalig große Mengen. Ziel ist es, stabile Populationen im Boden zu etablieren, sodass die Wurzeln über längere Zeiträume gleichmäßig besiedelt werden.
Freilebende Mikroorganismen wie Rhizobakterien oder Trichoderma können zunächst hohe Populationsdichten aufbauen, die im Verlauf des Vegetationszyklus wieder abnehmen. In solchen Fällen empfiehlt sich eine mehrmalige Anwendung des Inokulums.
Durch wiederholte Anwendungen kleiner Mengen über einen längeren Zeitraum lässt sich zudem eine größere Vielfalt nützlicher Mikroorganismen im Boden erhalten. Verschiedene Arten können sich im zeitlichen Verlauf unterschiedlich stark durchsetzen. So kann eine zunächst dominante Art später nicht mehr nachweisbar sein, obwohl sie möglicherweise in einer späteren Entwicklungsphase der Pflanze eine wichtige Rolle spielt, etwa beim Fruchtansatz oder in der Fruchtentwicklung.
Anders verhält es sich bei Mikroorganismen, die in enger Symbiose mit den Pflanzenwurzeln stehen, wie Mykorrhizapilze oder Knöllchenbakterien der Leguminosen. Wurden Pflanzen nach der Keimung erfolgreich besiedelt, bleiben diese Partner in der Regel bis zum Ende des Pflanzenlebens erhalten. Eine Nachbehandlung ist hier meist nicht erforderlich.
